Namun sebelum itu, para pemuda ara pemuda mengadakan pertemuan terlebih dahulu untuk membahas susunan acara, panitia, waktu, tempat hingga biaya. Pertemuan tersebut terjadi pada 3 Mei dan 12 Agustus 1928.
Dari sana, terbentuk susunan kepanitian untuk Kongres Pemuda Kedua, yang terdiri dari:
Ketua : Sugondo Djojopuspito (PPPI)
Wakil Ketua : R.M. Djoko Marsaid (Jong Java)
Sekretaris : Muhammad Yamin (Jong Sumatranen Bond)
Bendahara : Amir Sjarifudin (Jong Bataks Bond)
Pembantu I : Johan Mahmud Tjaja (Jong Islamieten Bond)
Pembantu II : R. Katja Soengkana (Pemoeda Indonesia)
Pembantu III : R.C.L. Sendoek (Jong Celebes)
Pembantu IV : Johannes Leimena (Jong Ambon)
Pembantu V : Mohammad Rochjani Su’ud (Pemoeda Kaoem Betawi)
Sementara itu, biaya yang dibutuhkan untuk acara tersebut akan dibebankan kepada organisasi-organisasi pemuda yang mengikuti kongres.
Adapun tiga tempat yang dipilih untuk menyelenggarakan kongres adalah Katholieke Jongenlingen Bond, Oost Java Bioscoop, dan Indonesische Clubgebouw.