Tim Mawar jadi dalang operasi penangkapan dan penculikan puluhan aktivis menjelang berakhirnya pemerintahan Presiden Soeharto pada 1998. Untung Budiharto bersama sejumlah anggota Tim Mawar telah menjalani persidangan di Pengadilan Militer Jakarta.
Saat itu, Selasa (9/4/1999), Untung Budiharto yang masih berpangkat Kapten (Inf) divonis 20 bulan penjara dan dipecat sebagai anggota TNI bersama sejumlah anggota Tim Mawar lainnya. Sementara Komandan Tim Mawar Mayor (Inf) Bambang Kristiono divonis 22 bulan penjara dan dipecat sebagai anggota TNI. Beberapa prajurit lainnya juga divonis penjara meskipun tak dipecat sebagai anggota TNI.
Namun, lima prajurit yang dipecat mengajukan banding pada tahun 2000, termasuk Untung Budiharto. Putusan banding menyebutkan Untung Budiharto hanya dihukum 2 tahun 6 bulan penjara tanpa dikenakan sanksi pemecatan.
Sebelum menjadi Pangdam Jaya, Untung Budiharto menduduki sejumlah jabatan penting selain di Kopasssus, yakni Asisten Perencanaan Kopassus pada 2009—2010 dan Pamen Ahli Kopassus Golongan IV Bidang Taktik Parako.
Dia pernah Wakil Asisten Operasi Kasad pada 2017—2019 dan Kepala Staf Komando Daerah Militer (Kasdam) I/Bukit Barisan pada 2019-2020.