Mekanisme penjaminan mutu ini bukan memaksakan ukuran pusat kepada pesantren, akan tetapi memberikan kewenangan dan kebebasan bagi pesantren untuk mengatur, mengelola, dan mengembangkan program pendidikan nonformal mereka sendiri. Dengan demikian pesantren dapat memiliki peran yang lebih aktif dan memiliki fleksibilitas dalam menyusun kebijakan dan prosedur untuk memastikan kualitas pendidikan yang dijalankan di luar pendidikan formal.
Prinsip otonomi pesantren tersebut termasuk dalam pengembangan kurikulum, pengelolaan program, pemberdayaan pengasuh dan guru, dan evluasi serta pemantauan internal. Ukuran-ukuran yang ditentukan tersebut harus dilaksanakan secara konsisten dengan ketentuan yang baku.
Namun demikian sistem ini tetap akan tunduk kepada undang-undang yang berlaku. Pendidikan pesantren merupakan bagian tak terpisahkan dari sistem pendidikan nasional sehingga penyusunan standarisasi mutu harus mengacu kepada sistem tersebut.
Oleh karena itu penyusunan standar mutu harus sesuai dengan UU No 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional yang dirinci dalam PP No 57 Tahun 2021 tentang Standar Nasional Pendidikan dan PP No 4 Tahun 2022 tentang Perubahan atas PP Nomor 57 Tahun 2021 tentang Standar Nasional Pendidikan.