Proses penyidikan perkara tersebut ditandai dengan adanya penggeledahan di sejumlah lokasi. Beberapa lokasi yang telah digeledah di antaranya rumah dinas Mentan Syahrul Yasin Limpo di Jalan Widya Chandra V Nomor 28, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan.
Kemudian, rumah pribadi SYL di Makassar, hingga Kantor Kementan. Dari sejumlah lokasi tersebut, KPK mengamankan 12 senjata api, uang Rp30 miliar, dan barang-barang yang diduga berkaitan dengan penyidikan perkara ini.