Semenjak itu, kedua kerajaan yang disatukan tersebut diberi nama Kerajaan Aceh Darussalam dengan pusat kerajaannya Banda Aceh Darussalam.
Sultan Ali Mughayat Syah menjadi raja pertama Kerajaan Aceh Darussalam dan memerintah pada 1514-1528 M.
Di bawah kekuasaan Sultan Ali Mughayat Syah, Kerajaan Aceh berhasil melakukan perluasan wilayah ke beberapa daerah, antara lain Daya dan Pasai. Selain itu, kerajaan ini juga melakukan penyerangan terhadap bangsa Portugis di Malaka serta Kerajaan Aru.
Kerajaan Aceh mengalami masa kejayaannya pada permulaan abad ke-17 dibawah pemerintahan Sultan Iskandar Muda (1607 M-1636 M). Di bawah kepemimpinan Sultan Iskandar Muda, Kerajaan Aceh kemajuan di beberapa bidang, antara lain perdagangan.
Di bidang perdagangan, Kerajaan Aceh tumbuh menjadi kerajaan yang berkuasa atas perdagangan Islam, bahkan menjadi bandar transit yang dapat menghubungkan dengan pedagang islam di dunia barat.
Selain bangsa Belanda dan Inggris, bangsa asing lainnya seperti Arab, Persia, Turki, India, Siam, Cina, Jepang, juga berdagang dengan Aceh.
Sultan Iskandar Muda juga meneruskan perjuangan Aceh dengan menyerang Portugis dan Kerajaan Johor di Semenanjung Malaya. Tujuannya adalah agar bisa menguasai jalur perdagangan di Selat Malaka dan menguasai daerah penghasil lada.