Perang Puputan terjadi sejak Bali masih terdiri atas kerajaan-kerajaan hingga masa kemerdekaan. Dua Perang Puputan yang terkenal adalah Puputan Jagaraga dan Puputan Margarana.
Perang Puputan Jagaraga
Perang Puputan Jagaraga adalah perlawan yang dipimpin Patih Jelantik dari Kerajaan Buleleng melawan tentara Belanda pada 1848-1849.
Perang dikobarkan setelah Raja Buleleng menolak tunduk kepada Belanda dan menerapkan Tawan Karang, yakni menahan seluruh kapal dagang asing yang berlabuh di Dermaga Buleleng.
Patih Jelantik yang memiliki nama lengkap I Gusti Ketut Jelantik gugur dalam peperangan itu. Pada 1993, pemerintah Indonesia menetapkan Patih Jelantik sebagai pahlawan nasional.
Perang Puputan Margarana
Perang Puputan Margarana adalah perlawanan heroik rakyat Bali melawan Belanda dalam masa Perang Kemerdekaan.
Perang yang terjadi pada 20 November 1946 itu dipimpin oleh Letnan Kolonel I Gusti Ngurah Rai yang saat itu memimpin pasukan Tentara Keamanan Rakyat (TKR) Divisi Sunda Kecil.
I Gusti Ngurah Rai dan sejumlah pejuang gugur dalam pertempuran itu.
Pemerintah Indonesia menetapkan I Gusti Ngurah Rai sebagai Pahlawan Nasional pada 1975. Nama Ngurah Rai juga diabadikan sebagai nama bandara, stadion, hingga universitas di Bali.