Kasus ini berawal saat ada laporan mengenai Bahar bin Smith ke Polres Bogor dengan nomor laporan LP/B/1125/XI/I/2018/JBR/Res Bgr tertanggal 5 Desember 2018. Dalam laporan disebutkan, Habib Bahar diduga telah menganiaya dua anak berusia 17 dan 18 tahun di Kampung Kemang, Kecamatan Kemang, Kabupaten Bogor, Jabar. Dalam video yang beredar, dua anak itu dipukul lantaran mengaku sebagai habib.
Selain dugaan penganiayaan anak, Bahar bin Smith juga ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus dugaan ujaran kebencian dan penghinaan kepada Presiden Joko Widodo. Bareskrim Polri menetapkan Habib Bahar sebagai tersangka setelah diperiksa sebagai saksi terlapor selama kurang lebih 11 jam.
Dia dijerat dengan Pasal 16 juncto Pasal 4 huruf (a) ke-2 UU Nomor 40 Tahun 2018 tentang Penghapusan Diskriminasi Ras dan Etnis, serta Pasal 45 juncto Pasal 28 Ayat (2) UU No 19/2016 tentang Informasi dan Transaksi Elektronik (UU ITE), dan Pasal 207 KUHP.