Pengalamannya berjuang sebagai tentara kala itu tak selamanya manis, namun ada kepahitan yang harus diterima Sanjoto. Yakni saat pucuk pimpinan TNI memberlakukan Rekonstruksi dan Rasionalisasi di tubuh Angkatan Perang. Karena terlalu ‘gemuk’ dan Pemerintah kesulitan menggaji karena kondisi keuangan yang minim, maka dampaknya juga dialami Sanjoto. Pangkat Letnan Muda yang telah disandang pun diturunkan menjadi Kopral.
Menghadapi hal ini pun Sanjoto merasa terpukul, meski menyadari awal menjadi tentara tidak melalui perekrutan dan pelatihan militer. Dia kemudian menyampaikan keberatannya dan niatan untuk kembali ke Surakarta melanjutkan sekolah. Kebijakan pimpinan pun berubah, Sanjoto ditawari pangkat Sersan Polisi Tentara dan akhirnya bisa menerimanya serta melanjutkan berjuang di bawah komando Kolonel Gatot Soebroto yang berkedudukan atau bermarkas di Gunung Lawu.
Kondisi berangsur berubah, Sanjoto ditugaskan di Slawi Tegal saat Penumpasan DI/TII. Saat itu Sanjoto ditugaskan menguji Rebues atau SIM Militer Letkol Ahmad Yani salah satu pimpinan Gerakan Banteng Nasional yang ditugaskan Presiden Soekarno untuk menggempur DI/TII pimpinan Amir Fatah di wilayah Tegal sekitarnya tahun 1950an.
Titik balik peningkatan pangkat justru dari saat bertemu Ahmad Yani yang kala itu sudah berpangkat jenderal saat Operasi Dwikora di Kalimantan. Sanjoto tampaknya masih dikenalinya karena satu-satunya tentara yang menggunakan kacamata tebal alias belor. Melalui ajudan, Ahmad Yani memanggilnya dan mengenalkan ke hadirin yang ada bahwa Sanjoto merupakan orang yang berjasa menguji SIM Militernya saat di Tegal. Tanpa Sanjoto maka tak mungkin Ahmad Yani punya SIM.
Ahmad Yani kemudian bertanya kepada Sanjoto kemauannya apa. Ternyata Sanjoto minta ditugaskan ke Jawa karena sudah lama bertugas di Kalimantan sebagai Polisi Militer. Oleh Ahmad Yani akhirnya direkomendasi bahkan juga diberi surat kenaikan pangkat menjadi Sersan Mayor.