Terdapat sebuah batu yang berasal dari Baitul Maqdis atau Al-Quds di Yerusalem, Palestina yang mana menjadi prasasti sejarah dari pembangunan masjid tersebut. Sehingga Sunan Kudus terinspirasi untuk memberikan nama ‘Kudus’ yang memiliki arti suci.
Jika berkunjung ke Masjid Menara Kudus, Anda akan disuguhkan dengan bangunan masjid yang unik seperti pintu gapura berbentuk menyerupai gapura candi-candi yang ada di Bali atau disebut dengan kori agung.
Menariknya, selain berada di depan, gapura tersebut juga terdapat di dalam ruang utama masjid untuk beribadah. Gapura tersebut merupakan sisa gerbang dari masa awal masjid yang disebut sebagai gapura Paduraksa dan Gerbang ini dahulunya dikenal dengan nama Lawang Kembar atau Pintu Kembar.
Menurut Kemendikbud, Gapura Paduraksa memiliki fungsi sebagai pintu masuk halaman serambi dan halaman utama masjid. Akan tetapi, keberadaannya sekarang sudah tidak berfungsi dan ditutup. Hal ini dilakukan karena adanya perluasan masjid menara kudus pada tahun 1933, sehingga bagian asli dari masjid sudah ada yang hilang dan berubah.
Masjid Menara Kudus ini memiliki lima pintu di bagian kanan dan lima pintu bagian kiri. Semua jendela terdapat empat buah, pintu besar yang terdiri dari lima buah dan tiang besar di dalam masjid yang berasal dari kayu jati terdapat delapan buah. Pada bagian dalam ada kolam masjid disebut dengan ‘padasan’ yang merupakan sebuah peninggalan kuno dan dijadikan sebagai tempat berwudhu.