Pelepasan Kamboja dari kekuasaan Jawa tersebut melatarbelakangi Samaragriwa kemudian membagi wilayah kekuasannya untuk kedua putranya Samaratungga dan Balaputradewa. Samaratungga mendapatkan wilayah di Jawa (Medang), sedangkan Balaputradewa mendapatkan wilayah di Sumatera.
Sebelum menjadi raja di Medang, Samaratungga terlebih dahulu menjadi kepala daerah Garung yang bergelar Rakryan i Garung atau Rakai Garung. Samaratungga sendiri naik tahta dan bergelar Sri Maharaja Samaratungga.
Semasa menjadi raja, Samaratungga menikahkan putrinya Pramodawardhani dengan Mpu Manuku dari Wangsa Sanjaya yang menjabat sebagai penguasa daerah Patapan pada 807 M berdasarkan Prasasti Munduan.
Saat menjabat sebagai raja pula Samaratungga membangun sebuah bangunan bernama Candi Bhumisambhara, yang merupakan nama lain dari Candi Jinalaya. Samaratungga mempercayakan arsitek Gunadharma.
Selain itu, Samaratungga melibatkan Kumarabacya dari Gandhadwipa (Bangalore) dan Visvawarman, yang merupakan ahli ajaran Buddha Tantra Vijrayana dari Kashmir, India. Pendapat adanya kisah pendirian Candi megah itu juga sejalan dengan Prasasti Kulrak yang dikeluarkan pada tahun 784 M.