Soebadio Sastrosatomo menilai tuduhan subversif itu hanya akal-akalan orang-orang PKI (Partai Komunis Indonesia), yakni melalui laporan yang dibuat kepala Badan Pusat Intelijen (BPI) Subandrio. “Kami dijebloskan di penjara Madiun karena rekayasa PKI”.
Sjahrir setelah menjalani 8 bulan perawatan di rumah sakit Jakarta, kemudian dipindahkan ke tempat penahanan di jalan Keagungan. Kondisi kesehatannya belum membaik sepenuhnya.
Bahkan pada tahun 1963 dan 1964, Sjahrir mengalami dua kali serangan stroke ringan. Hidup Sjahrir berpindah dari satu tahanan ke tahanan lain. Dari jalan Keagungan, ia dipindahkan ke rumah tahanan militer di Jalan Budi Utomo.
Sjahrir mengalami serangan stroke yang ketiga. Kondisinya memperihatinkan. Tangan dan kaki Perdana Menteri pertama Indonesia itu lumpuh. Melalui serangkaian operasi, dokter berhasil memulihkan fungsi tangan dan kakinya, tapi Sjahrir tak mampu lagi menulis dan berbicara.
Pihak keluarga, terutama Poppy Sjahrir, istri Sutan Sjahrir meminta kebijaksanaan Presiden Soekarno membawa suaminya ke luar negeri untuk berobat. Dan Soekarno mengijinkan.