Sebagai gantinya, Syekh Mutamakkin dipanggil untuk menjelaskan ajaran tasawuf yang didedahkan dalam Serat Dewaruci. Ia diadili di depan para ulama lain, terutama dihadap-hadapkan dengan Katib Anom Kudus yang sejak awal menudingnya sesat.
Kedua ulama itu kemudian berdebat. Semua pengetahuan keagamaan didedah sekaligus untuk membuktikan siapa yang benar. Dalam teks Kajen menyebut Syekh Mutamakkin terbukti lebih alim sekaligus lebih menguasai ilmu tasawuf dibanding Katib Anom Kudus.
Syekh Mutamakkin menafsirkan teks Serat Dewaruci yang ajaran intinya yakni mencapai insan kamil. Sufisme dan syariah tidak dalam posisi meniadakan satu sama lain. Polemik pun selesai dan ditutup dengan melaksanakan salat Jumat bersama.
“Kebijaksanaan dan keadilan sang raja sebagai seorang sufi digambarkan dengan pengampunan yang diberikan kepada Al-Mutamakkin,” demikian tertulis dalam Intelektualisme Pesantren, Potret Tokoh dan Cakrawala Pemikiran di Era Pertumbuhan Pesantren.
Syekh Mutamakkin wafat pada tahun 1740 dan dimakamkan di Kajen, Pati Jawa Tengah. Dari berbagai sumber yang dihimpun, keturunan Syekh Mutamakkin terbagi atas tiga keluarga besar (bani), yakni Siroj, Nawawi dan Salam.
Dari ketiga keluarga besar itu lahir banyak pendiri sekaligus pengasuh pesantren di Kajen, Pati. Salah satu keturunan Syekh Mutamakkin adalah almarhum KH Sahal Mahfudz, mantan Rais Aam PBNU.