Bupati Jombang terjaring OTT oleh KPK di Stasiun Solo Balapan, Kota Solo, tepatnya di sebuah restoran cepat saji, Sabtu, 3 Februari 2018 sekitar pukul 17.00 WIB. Saat itu, Nyono sedang menunggu keberangkatan kereta menuju Jombang. Lalu, Minggu, 4 Februari 2018, dia ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus dugaan suap itu.
Nyono diduga menerima suap terkait dana kapitasi dari puskesmas dan sejumlah proyek di Kabupaten Jombang. KPK menemukan fakta bahwa sebagian uang tersebut digunakan untuk membayar iklan kampanyenya sebagai calon bupati Jombang.
Selain Nyono, KPK juga telah menetapkan Inna Selistyowati sebagai tersangka yang kini sudah ditahan di Rutan K4 KPK. Sementara Nyono sudah menyatakan mundur dari jabatannya sebagai Bupati Jombang, Jatim. Nyono diketahui kembali mencalonkan diri sebagai petahana Bupati Jombang.
Dalam pengambilan nomor urut calon peserta Pilkada Jombang 2018 pada Selasa, 13 Februari 2018, Nyono Suharli diwakili oleh istrinya yang juga Ketua DPD Partai Golkar Kabupaten Jombang Tjaturina Wihandoko. Nyono yang maju bersama Subaidi Muhtar mendapat nomor urut 2. Pasangan ini akan bersaing dengan pasangan nomor urut 1, Mundjidah-Sumrambah dan nomor urut 3 M Syafiin dan Choirul Anam.