Setelah pengakuan kemerdekaan Indonesia dari Kerajaan Belanda, wilayah Bulungan menerima status sebagai Wilayah Swapraja Bulungan atau "wilayah otonom" di Republik Indonesia pada tahun 1950, yaitu Daerah Istimewa setingkat kabupaten pada tahun 1955. Sultan terakhir, Jalaluddin, meninggal pada tahun 1958.
Kesultanan Bulungan dihapuskan secara sepihak pada tahun 1964 dalam peristiwa berdarah yang dikenal sebagai Tragedi Bultiken (Bulungan, Tidung, dan Kenyah) dan wilayah Kesultanan Bulungan hanya menjadi kabupaten yang sederhana.
Adapun, tragedi runtuhnya Kesultanan Bulungan ini dinamai Tragedi Bultiken. Tragedi pembantaian itu dilakukan oleh Tentara Nasional Indonesia yang dipimpin oleh Letnan B.Simatupang, atas perintah Pangdam IX Mulawarman saat itu yaitu Brigadir Jenderal Suhario terhadap para petinggi dan keluarga kerajaan Kesultanan Bulungan, serta aksi pembakaran istana Bulungan dan penjarahan serta perampasan harta benda milik Kesultanan Bulungan yang juga dilakukan oleh para tentara tersebut.
Tragedi Buktiken ini bermula pada subuh dini hari, Jumat, 3 Juli 1964, ketika pasukan tentara dari satuan tempur Brawijaya 517 tiba-tiba mengepung istana Kesultanan Bulungan, dan berakhir setelah Istana Bulungan yang bertingkat dua habis dibakar oleh para tentara tersebut. Aksi itu berlangsung selama dua hari dua malam hingga rata dengan tanah pada hari Jumat, 24 Juli 1964.
Namun, ada museum Kesultanan Bulungan yang dibangun oleh pemerintah di lokasi di mana dulu terdapat Istana Kesultanan Bulungan. Museum ini masih menyimpan sebagian benda-benda peninggalan dari Kesultanan Bulungan dahulu yang masih bisa diselamatkan.
Di dalam museum ini juga terdapat replika dari singgasana Kesultanan Bulungan pada saat masih berdiri. Di halaman depan museum juga terdapat meriam sebagai peninggalan Kesultanan Bulungan dahulu. Demikianlah tragedi runtuhnya Kesultanan Bulungan.