Dia pun menjadi pendiri Fakultas Ilmu Pasti dan Ilmu Alam Universitas Indonesia, Siwabessy ditunjuk sebagai Dekan FIPIA UI pertama (1963-1965).
Hingga pada tahun 1962 Presiden Soekarno meresmikan berdirinya Badan Tenaga Atom Nasional (Batan), berada langsung di bawah presiden dan Siwabessy sebagai Direktur Jenderal pertama Batan. Pada 1965, dia diangkat sebagai Menteri Badan Tenaga Atom Nasional.
Hingga di suatu malam yang tenang pada 11 November 1982, Siwabessy mengembuskan napas terakhirnya di Jakarta.