Pemerintah telah mengerahkan sekitar 21 lembaga dan instansi terkait seperti Basarnas Ternate, Direktorat Komunikasi Basarnas Pusat, Direktorat Polairud Polda Maluku Utara, perusahaan pemilik kapal dan Bakamla Pusat untuk mencari keberadaan kapal selama 13 hari.
Area pencarian dipusatkan di perairan Maluku Utara, yang menjadi titik koordinat awal kapal tersebut terpantau. Tim juga menyisir perairan laut Obi, Maluku Utara dan perairan Pulau Buru, Maluku. Termasuk juga menyisir jalur pelayaran kapal di perairan Poge Sanana, Taliabo dan perairan Morosi.
Pencarian juga dilakukan melalui udara, namun tidak membuahkan hasil. Misteri keberadaan kapal kargo MV Nur Allya sedikit terkuak saat tim SAR menemukan sekoci rusak dari kapal tersebut di pesisir Desa Gambaru, Kecamatan Obi Selatan.
Perusahaan pemilik MV Nur Allya sudah mengkonfirmasi sekoci tersebut merupakan bagian dari kapal yang tenggelam. Tumpahan minyak ditemukan di bagian selatan perairan Pulau Obi, Maluku Utara pada 30 Agustus 2019.