Pada 1938, dia bergabung dengan PSII dan duduk dalam kepengurusan Gabungan Politik Indonesia (GAPI) bersama M Arsyad Hanafi, MS Djahir, AS Bacmid dan lainnya.
Karena kegiatannya politiknya, dia dipenjarakan di Nusakambangan. Kemudian dipindahkan ke Boven Digoel pada 1948. Oleh Jepang, dia dibebaskan pada 1942 dan memilih untuk sementara waktu menetap di Sorong.
Pada 1946, pindah ke kepulauan Gebe kemudian kembali ke kampung halaman di Patani. Di Pulau Gebe, kawasan Halmahera Timur (sekarang Halmahera Tengah), inilah Salahuddin mendirikan sebuah organisasi keagamaan Islam bernama Sarikat Jamiatul Iman wal Islam.
Di kalangan pengikutnya, organisasi ini terkenal dengan nama Sarikat Islam (SI). Tujuannya mempertahankan agama Islam dan Negara Republik Indonesia di bawah Bung Karno dan Bung Hatta yang baru saja diproklamasikan.
Tugas paling utama SI pada masa awal berdiri yakni menyebarluaskan proklamasi. Hal ini dilakukan H Salahuddin sejak masih berada di Raja Ampat dan Sorong. Dia gencar menyebarluaskan cita-cita proklamasi, penduduk dari empat desa di Pulau Gebe pun berbondong-bondong menjadi anggota SI.