H Salahuddin dan enam pimpinan SI dituduh secara bersama-sama menghasut rakyat melakukan makar, serta secara tanpa hak ingin merobohkan kekuasan dan pemerintahan yang sah serta menggantinya dengan Pemerintahan Republik Indonesia.
Pada 13 September 1947 HS dan keenam pemimpin lainnya dinyatakan bersalah dan dijatuhkan hukuman. Hj Salahuddin dihukum mati, Khadi Abdul Hadi dihukum 12 tahun penjara, sementara kelima pimpinan sayap militer lainnya masing-masing dihukum dari 6 hingga 9 tahun penjara.
Pada 6 Juni 1948, kejaksaan Ternate mengeksekusi putusan Pengadilan Negeri, setelah Letnan Gubernur Jemdral Van Mook menolak permohonan grasi Haji Salahuddin yang diajukan kejaksaan.
Haji Salahuddin dibawa ke lapangan tembak militer di Skep Ternate dan tepat jam 06.00 WIT Haji Salahuddin dieksekusi di depan regu tembak. Jasad Almarhum kemudian dimakamkan di perkuburan Islam Ternate
Haji Salahuddin seorang pemipmpin karismatik dan sangat berwibawa. Para pengikutnya percaya dia mempunyai indera keenam. Atas perjuangannya, dia kini ditetapkan pemerintah sebagai Pahlawan Nasional.