2. Universitas Kristen Indonesia Maluku
Universitas di Ambon Maluku yang satu ini memiliki lima fakultas dan dua program. Diantaranya ada Fakultas Teologi, Fakultas Teknik, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Ekonomi, Fakultas Kesehatan.
Universitas Kristen Indonesia Maluku yang kemudian disingkat dengan UKIM ini juga mengadakan hubungan dan kerja sama dengan universitas, lembanga, badan di dalam dan luar negeri antara lain: Vrije Universiteit Amsterdam, Theologische Universiteit Kampen, Netherlands, The Protestant Church di Netherlands, dan lain-lain.
3. Universitas Darussalam
Mulai berdiri sejak 1981, Universitas Darussalam yang kemudian disingkat menjadi UNIDAR ini berlokasi di Batu Merah, Sirimau, Kota Ambon, Maluku.
Universitas di Ambon Maluku yang satu ini telah memiliki tujuh fakultas, terdiri dari Fakultas Ekonomi, Pertanian, Teknik, Ilmu Sosial, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Hukum, Perikanan dan Kelautan.