Dalam penanganannya, muncul kerugian negara hasil perhitungan mandiri penyidik kejaksaan. Nilainya mencapai Rp15,45 miliar.
Angka Rp15,45 miliar itu muncul dari jumlah benih tidak bersertifikat dan gagal tanam. Munculnya angka tersebut dari pengadaan yang dilaksanakan oleh dua perusahaan swasta yang berperan sebagai pelaksana proyek atau penyedia benih. Dalam rinciannya, kerugian negara dari PT WBS muncul angka Rp7 miliar. Kemudian dari PT SAM Rp8,45 miliar.
Dari hasil penyidikan yang dilakukan sejak Oktober 2020 lalu, penyidik kemudian memastikan bahwa munculnya kerugian negara yang cukup besar itu diduga akibat ulah para tersangka.