Setelah purnatugas dari milier, pria kelahiran Yapen Waropen ini berkecimpung di dunia politik. Freddy juga pernah menjabat sebagai Gubernur Papua (1998-2002).
Ketika KH Abdurrahman Wahid alias Gus Dur menjadi Presiden, Freddy dipercaya sebagai Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara (1999-2000).
Dia kembali masuk kabinet di era Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan dipercaya sebagai Menteri Kelautan dan Perikanan (2004-2009) dan Menteri Perhubungan (2009-2011).
Ali Hamdan Bogra merupakan seorang Muslim yang taat. Dia juga rekan satu angkatan dengan mantan Panglima TNI Jenderal Andika Perkasa di Akademi Militer 1987 dari kecabangan infanteri.
Saat menjadi perwira dan mengikuti kursus di Kodiklatad Bandung, keduanya bahkan pernah bersama-sama mencari kos untuk tempat tinggal.