Paulus juga pernah menjadi komandan upacara pada Upacara Peringatan HUT Kemerdekaan Republik Indonesia ke-61 pada 17 Agustus 2006 di Istana Merdeka. Saat pangkatnya masih Kombes.
Sepanjang kariernya banyak bertugas di Papua. Bahkan dua kali menjadi Kapolda Papua di tahun 2015 dan 2019. Selain itu menjadi Kapolda Papua Barat tahun 2014.
Kapolda Papua Irjen Pol Mathius D Fakhiri mendapat kenaikan pangkat luar biasa (KPLB). Bintang dipundaknya bertambah satu usai dikukuhkan Kapolri Jenderal Listyo Sigit Prabowo saat memimpin upacara korps raport kenaikan pangkat di Rupattama Mabes Polri, Jakarta, Jumat (23/8/2024).
Mathius kini menyandang pangkat Komisaris Jenderal (Komjen) atau jenderal bintang tiga Polri. Dia tercatat menjadi putra Papua kedua yang meraih pangkat 'orang terpilih' setelah Komjen Pol (Purn) Paulus Waterpauw.
Komjen Mathius Fakhiri sudah bertugas sebagai Kapolda Papua selama 3,5 tahun lebih. Ketika itu dia menggantikan posisi yang ditinggalkan Komjen Pol (Purn) Paulus Waterpauw pada Februari 2021.