Kesulitan itu juga karena jenazah tidak dapat melihat jenazah. Oleh pihak keluarga jasad Pendeta Yeremia langsung dikuburkan. Kesulitan lain, keterangan istri mendiang juga berbeda-beda.
Yang pasti setelah kejadian tersebut KKB menyebarkan tudingan TNI-Polri sebagai pelaku pembunuhan. Di sisi lain, TNI dan Polri meyakini KKB yang menghabisi tokoh agama tersebut. KKB pula yang membunuh dua anggota TNI di distrik tersebut.
Untuk mengungkap kasus teror beruntun di Intan Jaya ini Mahfud membentuk Tim Gabungan Pencari Fakta (TGPF). Pembentukan TGPF tertuang dalam Keputusan Menko Polhukam Nomor 83 Tahun 2020 tentang Tim Gabungan Pencari Fakta Peristiwa Kekerasan dan Penembakan di Kabupaten Intan Jaya.
TGPF berisikan 30 orang. Selain Mahfud MD sebagai Penanggung Jawab, terdapat pula 11 orang yang bertindak sebagai Pengarah. Kemudian ada 18 orang yang bertugas sebagai Tim Investigasi Lapangan, dipimpin oleh Ketua Harian Komisi Kepolisian Nasional Irjen Pol (Purn) Benny Mamoto.