Kepulauan Padaido kaya dengan potensi sumber daya alam laut sehingga Pemerintah Indonesia melalui Keputusan Menteri Kehutanan No.91/Kpts-VI/97 menetapkan Kepulauan Padaido sebagai kawasan taman wisata laut.
Kekayaan sumber daya alam berlimpah ruah di Kepulauan Padaido menjadi daya tarik investasi untuk mengelola potensi kelautan dan perikanan. Bahkan, Kementerian Perikanan dan Kelautan melalui Direktorat Pengawasan Pengelolaan Sumber Daya Kelautan Ditjen Pengawasan Sumber Daya Kelautan dan Perikanan telah memasuki kawasan Kepulauan Padaido sebagai kawasan konservasi perairan.
Kawasan taman wisata laut Kepulauan Padaido seluas 183.000 hektare merupakan kawasan konservasi perairan yang dilindungi, dikelola dengan sistem zonasi untuk mewujudkan pengelolaan sumber daya ikan dan lingkungannya secara berkelanjutan.
"Kepulauan Padaido Biak merupakan kawasan konservasi perairan menjadi sumber cadangan stok ikan sehingga harus dijaga potensi sumber daya alam dan tak boleh dirusak, " ujar Koordinator Pengawasan Konservasi Perairan, Direktorat PPSDK Kementerian Kelautan Iim Naimah saat memberikan keterangan mengenai konservasi perairan di Kabupaten Biak Numfor, Rabu (5/4/2023).
Taman wisata laut kepulauan Padaido berperan sebagai kawasan konservasi perairan, di antaranya untuk melindungi kawasan dari degradasi lingkungan serta menjaga cadangan stok ikan. Sedangkan peranan lain, untuk perlindungan terumbu karang, ikan serta tanaman mangrove.