Pertempuran berlangsung di seluruh daerah Makassar hingga pada akhirnya Kesultanan Gowa terdesak dan semakin lemah. Dengan terpaksa, Sultan Hasanuddin menandatangani Perjanjian Bongaya pada tanggal 18 November 1667 di Bungaya.
Pertempuran terjadi kembali pada Tahun 1669. Kompeni berhasil menguasai Benteng Somba Opu pada tanggal 24 Juni 1669. Karena tidak ingin terus-terusan berurusan dengan Belanda, Sultan Hasanuddin mengundurkan diri dari tahtanya dan wafat pada tanggal 12 Juni 1670. Dia dimakamkan di kompleks pemakaman raja-raja Gowa di Kabupaten Gowa, Sulawesi Selatan.
Namanya kini diabadikan untuk Bandar Udara Internasional Sultan Hasanuddin di Makassar, Universitas Hasanuddin, Kodam XIV/Hasanuddin dan KRI Sultan Hasanuddin dan Jalan Sultan Hasanuddin di berbagai kota di Indonesia.