Awalnya, Kahar Muzakkar meminta agar seluruh personel KGSS menjadi bagian dari APRIS. Namun, hal ini ditolak dengan alasan pemerintah hanya menerima anggota APRIS yang memenuhi persyaratan saja.
Merespon hal tersebut, Kahar Muzakkar pun melakukan pemberontakan dua tahap. Pada tahun 1950 hingga 1952 merupakan tahap pemberontakan pertama. Kemudian tahun 1953 hingga 1965 merupakan pemberontakan kedua.
Dengan demikian, pemberontakan DI/TII yang dipimpin Kahar Muzakkar dilatarbelakangi oleh banyaknya anggota KGSS yang tidak diterima menjadi APRIS.
Kahar awalnya mengirim surat pada pemerintah agar segenap barisan KGSS dimasukkan ke dalam APRIS dengan mengambil nama 'Brigade Hasanuddin' sebagai respons pemerintah yang ingin membubarkan KGSS pasca-revolusi kemerdekaan selesai.
Namum tuntutan itu ditolak mentah-mentah Presiden Soekarno. Alasannya, mayoritas anggota KGSS tak memenuhi syarat sebagai tentara yang profesional. Hanya segelintir yang lolos dalam saringan perekrutan APRIS.