Pemerintah hanya bersedia memasukkan eks KGSS ke dalam Korps Cadangan Militer. Hal itu tentu tak sesuai harapannya. Di situlah kekecewaan Kahar memuncak.
Gerakan pasukannya berkekuatan sekitar 15.000 pengikut mengatasnamakan agama dan sepak terjangnya lebih kepada melancarkan teror kaum aristokrat serta para bangsawan yang bertentangan dengannya.
Memasuki tahun 1965, pasukan Kahar mulai terdesak. Pada 3 Februari, Kahar disergap pasukan Siliwangi dari Batalyon 330 Kujang I, tepatya di tepi Sungai Lasolo, Kendari. Kahar ditembak Kopral Sadeli dan langsung tersungkur tewas. Juli 1965, seluruh pengikutnya menyerahkan diri di Gerungan.
Tapi ada beragam spekulasi soal Kahar, terlebih jenazah dan kuburannya tak pernah diungkap. Pangdam Hassanudin ketika itu, Kolonel Jusuf yang membawahi Operasi Kilat tak pernah mau buka mulut soal jenazah dan pusara Kahar Muzakkar.
Ada berbagai rumor soal Kahar, mulai dari jenazahnya dibawa ke Jakarta, dimakamkan di Kendari, dikebumikan dekat Bandara Makassar sampai rumor yang menyatakan dia sebenarnya masih hidup.