Selama di Royal Navy, John Lie mendapat banyak latihan kelautan di pangkalan Angkatan Laut Inggris di Teluk Persia. Dia memanfaatkan kesempatan itu untuk meningkatkan keahlian dalam mengoperasikan beragam senjata, pengenalan taktik perang di laut, sistem komunikasi seperti Morse, pengenalan jenis-jenis kapal Sekutu dan pengetahuan mengenai ranjau laut. Keahliannya ini kelak membuat John Lie dan kapalnya 'si pembangkang' tak terkalahkan.
Saat Soekarno-Hatta memproklamasikan kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945, John Lie masih bertugas di Teluk Persia. Informasi itu sampai ke telinganya dan para pelaut Indonesia. Semangat mereka pun tersulut untuk segera pulang agar dapat berbakti untuk Tanah Air.
Keinginan itu akhirnya terwujud di bulan Juni 1946. Sampai di Tanah Air, John Lie melamar ke Angkatan Laut RI (ALRI) yang baru saja dibentuk. Kepala Staf Umum ALRI Laksamana III M Pardi yang menemuinya saat itu, sepertinya tahu John Lie punya banyak pengalaman.
Lantas dia menanyakan pangkat yang diinginkan John Lie. Namun dia dengan rendah hati mengatakan, ”Saya datang bukan untuk cari pangkat. Saya datang ke sini mau berjuang di medan laut karena hanya inilah yang saya miliki, yaitu pengalaman dan pengetahuan kelautan yang sekadarnya.“
John Lie akhirnya menerima surat keputusan dengan pangkat Kelasi III. Baru bertugas, para pimpinan ALRI telah memberi kepercayaan kepadanya untuk bertugas di pangkalan besar di Pantai Utara Pulau Jawa. John Lie menolak. Dia malah memohon agar ditempatkan di Pelabuhan Cilacap.