Ancaman nyata pada kelangsungan hidup babi rusa, berupa perburuan, perdagangan, pembalakan liar, dan peralihan fungsi hutan lindung menjadi lahan budi daya.
Pada era tahun 2000-an disebut oleh Hanom, perburuan babi rusa di TNBNW masih masif. Banyak rakit bambu yang mengikuti arus Sungai Bone membawa hasil tangkapan babi rusa dan babi hutan, kadang-kadang ada anoa juga.
Namun, sekitar 10 tahun terakhir kasus ini sudah jarang terjadi di TNBNW.
Terkait dengan perlindungan babi rusa, sudah ada Peraturan Menteri Kehutanan RI Nomor 55 Tahun 2013 tentang Strategi dan Rencana Aksi Konservasi (SRAK) Babirusa tahun 2013-2022.
Beberapa hal yang tercantum dalam dokumen SRAK, yakni mempertahankan hutan primer yang tersisa di Sulawesi, menghentikan perburuan yang masih terjadi secara masif di beberapa tempat, serta aksi bersama.
Oleh karena strategi dengan rentang waktu hingga tahun 2022 tersebut tidak pernah betul-betul dijalankan, SRAK terkesan sebatas dokumen. Setidaknya, dia hingga saat ini belum melihat evaluasi atas pelaksanaan strategi tersebut.