Tantangan dari luar negeri yaitu TNI dua kali menghadapi agresi militer Belanda yang memiliki organisasi dan persenjataan lebih modern.
Sadar akan keterbatasan TNI dalam menghadapi agresi Belanda, Indonesia melaksanakan Perang Rakyat Semesta dengan segenap kekuatan TNI dan masyarakat serta sumber daya nasional dikerahkan untuk menghadapi agresi tersebut. Dengan demikian, integritas dan eksistensi Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKR) telah dapat dipertahankan kekuatan TNI bersama rakyat.
Sesuai dengan keputusan Konferensi Meja Bundar (KMB), pada akhir tahun 1949 dibentuk Republik Indonesia Serikat (RIS). Sejalan dengan itu, dibentuk pula Angkatan Perang RIS (APRIS) yang merupakan gabungan TNI dan KNIL dengan TNI sebagai intinya. Pada Agustus 1950, RIS dibubarkan dan Indonesia kembali ke bentuk Negara kesatuan. APRIS pun berganti nama menjadi Angkatan Perang RI (APRI).
Sistem demokrasi parlementer yang dianut pemerintah pada periode 1950-1959, mempengaruhi kehidupan TNI. Campur tangan politisi yang terlalu jauh dalam masalah intern TNI mendorong terjadinya peristiwa 17 Oktober 1952 yang mengakibatkan adanya keretakan di lingkungan TNI AD. Di sisi lain, campur tangan itu mendorong TNI untuk terjun dalam kegiatan politik dengan mendirikan partai politik yaitu Ikatan Pendukung Kemerdekaan Indonesia (IP-KI) yang ikut sebagai kontestan dalam Pemilihan Umum tahun 1955.
Periode yang juga disebut Periode Demokrasi Liberal ini diwarnai pula oleh berbagai pemberontakan dalam negeri. Pada tahun 1950 sebagian bekas anggota KNIL melancarkan pemberontakan di Bandung (pemberontakan Angkatan Perang Ratu Adil/APRA) di Makassar Pemberontakan Andi Azis dan di Maluku pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS).