Sebelum menempati posisi strategis di Mabes Polri, Naek Pamen Simanjuntak sudah matang memimpin satuan kepolisian kewilayahan. Di jajaran Polda Jambi, ia tercatat pernah mengemban amanat sebagai Kapolres Tanjung Jabung Barat pada tahun 2011, dilanjutkan sebagai Kapolres Bungo pada 2013.
Kepemimpinannya di tingkat daerah terus berlanjut saat dipercaya menjabat sebagai Kepala Bidang (Kabid) Propam Polda Kepulauan Riau (Kepri) pada 2014.
Setelah itu, ia mendedikasikan keterampilannya di bidang pendidikan kepolisian sebagai Widyaiswara Muda di Sespimmen Lemdiklat Polri, sebelum akhirnya kembali ke kewilayahan sebagai Kabid Propam Polda Kalimantan Timur pada 2019.
Berikut perjalanan karier dan posisi penting yang pernah diemban Brigjen Pol Naek Pamen Simanjuntak:
Pengabdian Naek Pamen di Divisi Profesi dan Pengamanan (Divpropam) Polri sangat dominan. Pada periode 2020–2022, ia menjabat sebagai Kepala Bagian Penelitian Personel (Kabaglitpers) Ropaminal Divpropam Polri.
Karier penegakan disiplinnya berlanjut sebagai Kabag Rehabilitasi Divpropam Polri pada 2022. Setelah sempat kembali mengajar sebagai Widyaiswara Madya Sespim Lemdiklat Polri pada 2023, ia dipercaya menduduki posisi kunci sebagai Kepala Biro Provos (Karo Provos) Divpropam Polri pada 2024.