2.Masjid Gedhe Kauman
Peninggalan Kerajaan Mataram Islam di Yogyakarta yang kedua adalah Masjid Gedhe Kauman. Masjid ini berada di utara Keraton Yogyakarta persisi di sisi barat Alun-alun utara.
Masjid ini didirikan pada 1733 pada masa pemerintah Sri Sultan Hamengkubuwono I. Masjid ini mmeiliki satu ruangan induk untuk tempat shalat dan maksura untuk pengaman raja ketika sedang shalat.
3. Masjid Agung Kotagede
Peninggalan Kerajaan Islam di Yogyakarta selanjutnya adalah masjid Agung Kotagede. Masjid ini berada di sisi selatan pasar Kotagede yang dimungkinkan didirikan oleh Panembahan Senopati.
Masjid ini dibangun secara gotong royong oleh warga setempat. Masjid ini tidak bisa dipindah meskipun, yang hendak mengangkat bertambah banyak.
4.Taman Sari
Peninggalan Kerajaan Mataram Islam selanjutnya adalah Taman Sari yang didirikan Sri Sultan HB I. Tempat ini dulunya merupakan tempat peristirahatan Sultan dengan anak-anak dan kerabatnya. Di tempat ini juga ada kolam air.
Namun sejatinya Taman sari merupakan benteng pertahanan. Ada banyak lorong bawah tanah yang masih bisa ditemukan.
5. Masjid Pathok Nagoro Plosokuning
Peninggalan Kerajaan Mataram Islam selanjutnya adalah Masjid Pathok Nagoro Plosokuning yang berada di MInomartani, Ngaglik, Sleman. Masjid ini didirikan Ki Mursido yang merupakan keponakan Sri Sultan HB I.