Setelah tahu akan kebenaran berita tersebut, Ki Tumenggung Prawiropekso menasehati Suromejo untuk terlebih dahulu meminta izin kepada raja Mataram, karena daerah tersebut masuk ke dalam daerah kekuasaannya.
Akan tetapi, nasehat tersebut tak didengarkan dan Raden Suromejo tak mau meminta izin sehingga menimbulkan konflik peperangan. Dalam peperangan tersebut, R Suromejo tewas bersama kedua anak dan menantunya.
Sementara Ki Pontjodirjo yang merupakan anak dari Suromejo akhirnya menyerahkan diri yang kemudian oleh Pangeran Sambernyawa diangkat menjadi Bupati Gunungkidul pertama.
Namun, Bupati Mas Tumenggung Pontjodirjo tak lama menjabat karena adanya penentuan batas-batas wilayah Gunungkidul antara Sultan dan Mangkunegaran II pada tanggal 13 Mei 1831. Wilayah Gunungkidul selain Ngawen kemudian menjadi wilayah dibawah kekuasaan Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat.
Dalam buku Peprentahan Praja Kejawen (1939) karangan Mr Raden Mas Suryodiningrat disebutkan sejarah berdirinya Kabupaten Gunungkidul dimulai pada tahun 1831. pembentukannya bersamaan dengan berdirinya kabupaten-kabupaten lain di wilayah Kasultanan Ngayogyakarta.
Sejak lahirnya Gunungkidul, maka secara resmi telah ada suatu bentuk pemerintahan dengan kepala daerah dengan sebutan Tumenggung. Dibawahnya juga terdapat pemimpin wilayah seperti Ronggo, Panji, Demang, Bekel dan lain-lain, yang masing-masing memiliki tanggungjawab kepada atasannya.