Diawal berdirinya, bupati pertama yang bernama Mas Tumenggung Pontjodirjo, dengan pusat pemerintahan berada di Pati Desa Genjahan, Ponjong, dengan wilayah Kepanjen Semanu yang dipimpin oleh Panji Hardjodipuro.
Setelah itu dilakukan pembukaan lahan di hutan belantara yang bernama Alas Nongko Doyong di sebelah barat Pati yang dipimpin oleh Demang Piyaman Wonopawiro yaitu menantu dari Panji Hardjodipuro.
Dengan dibukanya Alas Nongko Doyong, pusat pemerintahan dari Pati dipindahkan ke Wonosari hingga saat ini. Di tahun 1834, baru diketahui bahwa hari lahir Kabupaten Gunungkidul adalah hari Jumat Legi (kalender Jawa) tanggal 27 Mei 1831 atau tahun Jawa 15 Besar tahun Je 1758.