Kanjeng Sunan saat itu hanya memakan ayam yang disuguhkan padanya hanya pada bagian pantat atau bokong saja. Warga desa pun ramai membicarakan hal itu hingga 'viral' menjadi oborolan penduduk setempat. Akhirnya warga sepakat untuk menggunakan nama Bokong sebagai nama desa yang disinggahi Sunan Kalijaga tersebut.
Nama desa itu digunakan hingga ratusan tahun, kemudian warga menyepakati untuk mengubah nama Desa Bokong menjadi Desa Sonoharjo.
Nah nama Desa Bokong itu kemudian juga dijadikan nama SD ditempat itu. Sekoklah biasanya memangnama wilayah di mana sekolah itu berdiri. Lantaran nama wilayahnya dahulu Bokong, maka SDN ini juga menggunakan nama tersebut.
Namun saat nama Dusun Bokong berubah nama menjadi Dusun Sonoharjo, sekolah yang berdiri sejak 1975 ini tak ikut berubah. Sekolah itu hingga sekarang tetap bernaama SD Bokong.