Saat sedang menggosok-gosok tubuh Kyai Dwipangga, tiba-tiba terdengar suara gemuruh air dari arah hulu sungai. Seketika, menyeret Ki Kerti dan Kyai Dwipangga hingga akhirnya hanyut dan tenggelam di laut Selatan. Untuk mengingat kejadian tersebut, Sultan Agung lalu menamai Sungai Gajah Wong, karena menghanyutkan gajah dan orang (wong dalam bahasa Jawa).
Nah itulah sedikit kisah tentang sejarah asal-usul nama sungai Gajah Wong. Pesan moral yang ingin disampaikan dari cerita rakyat Yogyakarta tersebut adalah agar kita jangan menyepelekan atau mengabaikan kata-kata orang lain.