KA Bandara YIA tetap dioperasionalkan 20 perjalanan pulang pergi setiap hari dan penumpang bisa mengakses layanan tersebut dari Stasiun Tugu Yogyakarta, Stasiun Wates, dan Stasiun KA Bandara YIA dengan jadwal keberangkatan paling pagi dari Stasiun Tugu pada pukul 05.00 WIB dan paling akhir 18.00 WIB.
Sedangkan, jadwal paling pagi dari KA Bandara YIA 06.11 WIB dengan jadwal terakhir pukul 19.15 WIB.
Harga tiket tetap sama yaitu Rp20.000 untuk sekali perjalanan dari Stasiun Tugu ke Stasiun Bandara YIA, sedangkan dari Stasiun Wates ke Stasiun Bandara YIA Rp10.000.
Pembelian tiket dapat dilakukan melalui aplikasi KAI Access atau aplikasi lain dan bisa dilakukan secara langsung di vending machine atau di loket tiket stasiun.