Walau telah mendapat pengakuan dan ketetapan langsung dari Presiden Soekarno, serta mendapat dukungan luas dari tokoh nasional, namun posisi dan kedudukan DIS masih belum cukup kuat.
Masih banyak pihak yang menyoal dan mempertanyakan DIS. Ini justru datang dari para politis lokal dan para laskar pejuang. Mereka menilai DIS tak sesuai dengan semangat revolusi.
Kelompok yang menentang DIS ini meminta agar pemerintahan dijalankan oleh rakyat, bukan oleh Pakubuwono dan Mangkunegoro.
Konflik yang terus berkepanjangan ini membuat Surakarta terbagi dalam tiga kelompok. Yang pertama yaitu kelompok yang mendukung Swapraja atau mendukung DIS.
Mereka mayoritas berasal dari kelompok bangsan yang mayoritas adalah kelompok bangsawan dan orang orang yang memiliki kedekatan atau kepentingan dengan Keraton. Kelompok ini di antaranya Legiun Mangkunegaran, Pakempalan Kawulo Surakarta dan Pemuda Trah Surakarta.
Yang kedua adalah kelompok moderat yang berisi para kaum terpelajar dan berpendidikan tinggi, serta orang-orang yang memiliki kepekaan terhadap perubahan.
Walaupun mereka memiliki kedekatan dengan keraton, tapi mereka menginginkan adanya reformasi sistem pemerintahan namun dengan tetap mengakomodasi bentuk Swapraja.
Kelompok ketiga adalah kelompok Anti Swapraja. Kelompok ini cukup keras dan radikal menentang bentu Swapraja. Mereka menilai pemerintahan model DIS yang diserahkan kepada Raja akan menyusahkan rakyat.
Kelompok yang tergabung dalam barisan Anti Swapraja ini antara lain adalah simpatisan Tan Malaka, Barisan Banteng, tokoh komunis dan barisan pemuda revolusioner dari berbagai kelompok.
Banyaknya penolakan terhadap DIS inilah yang membuat situasi makin rumit. Ini juga diperparah dengan sika pemerintah pusat yang kurang jelas dan tegas.
Pasalnya selain menunjuk Kasunanan dan Mangkunegaran sebagai penguasa DIS, pemerintah pusat juga membentuk Komite Nasional Indonesia Daerah Surakarta (KNIDS). KNIDS ini juga diberikan kewenangan sebagai penguasa DIS dan mengelola pemerintahan umum.
Dalam perjalanannya KNIDS justru mendapat simpati yang besar dari pihak-pihak yang selama ini Anti-Swapraja. Sementara ada sejumlah pihak yang kemudian mengkampanyekan dan menyudutkan Kasunanan dan Mangkunegaran yang dituding pro penjajah.
Berlarutnya situasi ini membuat situasi politik yang memanas di Surakarta. Kekacauan dan situasi chaos terjadi dimana-mana. Gerakan anti DIS atau Swapraja makin meluas ke pelosok-pelosok desa.
Situasi makin parah dengan aksi penculikan dan penurunan paksa para pejabat Kasunanan. Patih Kasunanan KRMH Sosrodiningrat V menjadi korban pertama. Dia diculik pada tanggal 17 Oktober 1945. Sunan PB XII kemudian melantik KRMT Yudhonagoro menjadi Patih yang baru menggantikan KRMH Sosrodiningrat.