Namun nasib KRMT Yudhonagoro juga sama. Dia diculik pada tanggal 15 Maret 1946 dan kemudian sebanyak sembilan pejabat Kepatihan juga diculik oleh orang tak dikenal. Aksi penculikan dan pencopotan paksa bupati Kasunanan marak terjadi. Bahkan hingga pelosok-pelosok daerah
Pada 6 Juni 1946, pemerintah pusat kemudian menetapkan status Surakarta dalam keadaan bahaya. Pemerintah kemudian mengeluarkan UU No 6 tahun 1946 yang membentuk Dewan Pemerintahan Rakyat dan Tentara yang diketuai oleh Sudiro dari Barisan Banteng. Undang-undang ini berlaku hingga 15 Juli 1946.
Pemerintah dengan dalih mengendalikan keamanan kemudian mengeluarkan Penetapan Pemerintah Nomor 16/SD/1946. Penetapan pemerintah ini berisi penghapusan jabatan komisaris tinggi serta mengubah status Daerah Istimewa Surakarta menjadi sebuah Karesidenan untuk sementara waktu, serta pembentukan Pemerintah Kota Surakarta.
Pemerintah juga menghapus batas wilayah swapraja Kasunanan dan Mangkunegaran dan menyatukan Kota Surakarta. KNIDS juga dibubah jadi DPRD Surakarta serta membentuk DPRD di tiap kabupaten.
Para pegawai Swapraja Keraton statusnya diubah menjadi pegawai pemerintah kota dan mereka tidak lagi berada di bawah pimpinan Sunan PB XII dan Adipati Mangkunegoro VIII.
Berbagai keputusan ini makin menegaskan jika pemerintah berusaha menjadikan Surakarta menjadi sebuah daerah dengan pemerintahan biasa.
Berikutnya pemerintah mengeluarkan UU No 16 tanggal 2 Juni tahun 1947. Dari sini terbentuklah Pemerintah Kota Surakarta. Dengan adanya undang-undang ini otomatis menutup peluang berkuasanya kembali Sunan PB XII dan Adipati Mangkunegoro VIII. Keduanya tidak lagi memiliki kendali atas Surakarta.
Meskipun kekuasannya dalam DIS 'dilucuti' oleh pemerintah pusat, namun Sunan PB XII adalah seorang kesatria. Dia tetap setia kepada Republik dan mendukung pemerintah RI terus berlanjut. Kasunanan menyumbangkan banyak harta dan bendanya untuk membantu pemerintah RI termasuk saat Belanda melakukan agresi militer.
Namun dalam perjalananya pemerintah kembali mengeluarkan UU No 10 /1950 yang berisi tentang pembentukan provinsi Jawa Tengah yang didalamnya terdapat Karesidenan Surakarta.
Lalu pada 8 Agustus 1950, pemerintah menetapkan UU Nomor 13 tentang Daerah Otonom yang berisi ketetapan menggabungkan Karesidenan Surakarta kedalam Provinsi Jawa Tengah dan pembentukan kota praja atau kota madya Surakarta.
Mulai saat itu pula segala aset yang berhubungan dengan Swapraja seperti pabrik, perkebunan dan aset publik lainnya yang dimiliki Keraton serta Mangkunegaran diambil alih oleh pemerintah.
Dengan berbagai runtutan peristiwa itu kedudukan Swapraja Daerah Istimewa Surakarta (DIS) yang terdiri dari Kasunanan dan Mangkunegaran akhirnya berakhir.