Target Taman Pintar Yogyakarta untuk memperkenalkan science kepada siswa mulai dari dini. Harapannya kreatifitas anak didik terus diasah, sehingga bangsa Indonesia tidak hanya menjadi sasaran eksploitasi pasar teknologi. Namun, harus berusaha untuk menciptakan teknologi sendiri.
Relokasi lahan mulai dilakukan pada tahun 2004, dilanjutkan dengan tahapan pembangunan Tahap I adalah Playground dan Gedung PAUD Barat serta PAUD Timur. Gedung ini diresmikan dalam Soft Opening I tanggal 20 Mei 2006 oleh Mendiknas Bambang Soedibyo.
Pembangunan Tahap II, berupa Gedung Oval lantai I dan II serta Gedung Kotak lantai I, diresmikan dalam Soft Opening II tanggal 9 Juni 2007 oleh Mendiknas, Bambang Soedibyo, bersama Menristek Kusmayanto Kadiman.
"Pembangunan Tahap III adalah Gedung Kotak lantai II dan III, Tapak Presiden dan Gedung Memorabilia," ujar dia.
Taman Pintar Yogyakarta didirikan sebagai wahana ekspresi, apresiasi dan kreasi sains yang terbaik se-Asia Tenggara dalam suasana yang menyenangkan. Tujuannya pada pengembangan SDM di bidang sains dan teknologi serta Penyediaan alat peraga pembelajaran yang berkualitas.
Keberadaan Taman Pintar Yogyakarta untuk menumbuhkembangkan minat anak dan generasi muda terhadap sains melalui imajinasi, percobaan dan permainan yang menyenangkan.
“Taman Pintar Yogyakarta didirikan untuk mencerdaskan dan Menyenangkan dengan pendekatan Niteni, Niroake, Nambahi (mengamati, menirukan dan menambahi),” katanya.