Bagnaia berhasil mengungguli rekan satu timnya, Miller. Disusul kemudian Mir yang harus bekerja keras untuk dapat menyaingi kecepatan motor Ducati Desmosedici GP21.
Kedigdayaan motor Ducati juga tampak, dengan adanya lima motor buatan Italia tersebut di dalam lima besar. Hal itu setelah duet Zarco serta Jorge Martin menduduki posisi keempat serta kelima.
Sementara sang juara dunia, Fabio Quartararo gagal tampil impresif. Dia hanya sanggup menempati posisi ketujuh setelah hanya mampu membuat waktu terbaik 1 menit 39,131 detik.
Hasil Kualifikasi MotoGP Algarve 2021:
1 Francesco Bagnaia ITA Ducati Team (GP21)
2 Jack Miller AUS Ducati Team (GP21)
3 Joan Mir SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)