Situasi berubah ketika practice menyisakan sekitar 15 menit. Marc Marquez berhasil mencatatkan waktu 1 menit 57 detik dan langsung mengambil alih posisi pertama.
Pembalap Ducati Lenovo itu unggul sekitar 0,038 detik atas Pedro Acosta dari Red Bull KTM. Selisih yang sangat tipis tersebut memperlihatkan ketatnya persaingan untuk menjadi pembalap tercepat di Sepang.
Marc Marquez kemudian mampu mempertahankan keunggulannya hingga sesi berakhir. Dia menempati posisi pertama, diikuti sang adik, Alex Marquez, sedangkan Ai Ogura dari Trackhouse Aprilia melengkapi posisi tiga besar.
Sejumlah pembalap lainnya juga mengalami kecelakaan ketika practice memasuki menit-menit akhir. Namun, posisi teratas tetap menjadi milik Marc Marquez hingga bendera akhir dikibarkan.
Keberhasilan ini menjadi sorotan tersendiri bagi Marquez. Sempat terjatuh dan harus mengganti motor, dia justru mampu mengakhiri practice MotoGP Malaysia 2026 sebagai pembalap tercepat di Sirkuit Sepang.