Rupanya, tim berjuluk Raksasa Merah juga tertarik untuk mendatangkan Elie Aiboy setelah melihat permainan sang winger bersama Persija Jakarta. Keduanya akhirnya sepakat untuk merapat ke Selangor FA.
Keputusan tersebut terbilang tepat, di sana Elie Aiboy dan Bambang Pamungkas datang sebagai andalan sekaligus idola baru bagi para penggemar Selangor FA. Kekompakan keduanya terus terbangun dan berdampak besar bagi tim.
Mereka bahkan langsung mempersembahkan gelar juara di musim perdana bersama Selangor FA. Elie Aiboy terpilih sebagai pemain terbaik Piala FA Malaysia sekaligus membawa timnya promosi ke Liga Super Malaysia 2006.
Karier keduanya di Selangor FA selesai pada 2007 lantaran regulasi sepakbola Malaysia yang tidak memperbolehkan ada pemain asing saat itu. Elie Aiboy dan Bambang Pamungkas pun kembali ke Tanah Air.
Selain di level klub, Elie Aiboy juga punya sederet pengalaman bersama tim nasional. Salah satunya adalah pada medio 1994 saat ia mendapat pengalaman menimba ilmu di Italia usai lolos seleksi Timnas Indonesia U-19 dan masuk Tim Baretti II yang digembleng di Italia selama setahun.
Sejak saat itu, namanya menjadi langganan untuk memperkuat Timnas U-19 dan Timnas U-23. Berseragam timnas sejak 2001 hingga 2012, tentunya banyak pengalaman berharga yang didapat Elie Aiboy.