Total delapan gol dicetak Elie Aiboy untuk Timnas Indonesia pada ajang resmi. Golnya ke gawang Arab Saudi pada Piala Asia 2007 selalu dikenang, meski pada akhirnya tim Garuda takluk 1-2.
Namun, salah satu kenangan tak terlupakan bersama Timnas Indonesia baginya adalah pada 2012 sekaligus penampilan terakhirnya di Piala AFF 2012. Pada era tersebut pula tengah terjadi konflik di kubu PSSI hingga terjadi dualisme Timnas.
Elie pensiun pada 2015. Nama Elie Aiboy sudah malang melintang dengan membela sejumlah tim Tanah Air seperti Persipura Jayapura, Semen Padang, Persija Jakarta, Arema Malang hingga PSMS Medan.