Sementara di gim kedua, wakil Indonesia memulai start dengan cukup baik. Jonatan bermain lebih tenang dan berusaha mengurangi kesalahan sendiri seperti yang terjadi di gim pertama.
Sempat tertinggal, ia kemudian berhasil menyusul perolehan poin lawan menjadi 7-7. Akan tetapi, Shi Yu Qi kembali mengontrol permainan. Tunggal putra unggulan ke-11 itu perlahan kembali menjauh dan memimpin 11-7 atas Jonatan di interval gim kedua.
Usai jeda, Shi Yu Qi terus memperlebar jarak dari Jonatan. Salah satu tunggal putra andalan China itu terlihat begitu berambisi untuk segera menyudahi perlawanan Jonatan.
Permainan cepat pun diperlihatkan Shi Yu Qi. Jonatan yang tak mampu keluar dari tekanan akhirnya kembali harus menyerah di gim kedua dengan skor 9-21.
Dengan hasil ini, Indonesia hanya meloloskan satu wakil ke babak perempatfinal atas nama Anthony Sinisuka Ginting. Ginting melaju ke babak empat besar setelah menumbangkan wakil tuan rumah, Kenta Tetsuyama dua gim langsung dengan skor 21-18 dan 21-14.