Borneo FC lahir ketika pengusaha Nabil Husein membeli klub Perseba Super Bangkalan dan mengubahnya menjadi Pusamania Borneo FC pada tahun 2014 silam.
Pusamania Borneo FC lahir karena ketidakpuasan terhadap prestasi tim Putra Samarinda dan hilangnya kepercayaan terhadap manajemen klub.
Putra Samarinda akhirnya kalah pamor dari Pusamania Borneo FC. Pusamania Borneo FC lalu melenggang sendirian sebagai wakil Samarinda di Liga Indonesia. Setelah berhasil juara di Divisi Utama pada 2014, klub ini lalu promosi ke Liga Super Indonesia (ISL) pada tahun 2015.
Pada tahun 2017, Pusamania Borneo FC menghilangkan nama depannya dan jadilah klub tersebut bernama Borneo FC hingga saat ini.
Bali United lahir dari karut marutnya klub asal Putra Samarinda. Setelah mengalami krisis dan mulai kalah pamor dengan Borneo FC, manajemen akhirnya memutuskan untuk menjual klub tersebut.