Lalu agama apa yang dianut Stefano? Diketahui jika pemain berdarah Indonesia-Belanda itu menganut agama Kristen. Hal itu dibuktikan dengan tulisan di biodata pada akun sosial media pribadinya yang terdapat simbol salib.
Menurut transfermarkt, Stefano Lilipaly memulai karier sepakbolanya di klub DGC Amsterdam sebelum pindah ke Akademi AZ Alkmaar pada 2000-2001. Kemudian ia bermain bersama Akademi FC Utrecht semusim berselang.
Stefano memulai debut profesionalnya di skuad senior FC Utrecht pada musim 2011-2012. Namun di laga debutnya itu timnya harus kalah dari FC Groningen dengan skor tipis 1-0.
Hanya mencatatkan empat kali bermain di FC Utrecht pada musim debut, Stefano memilih hengkang ke Almere City FC. Selama dua musim di klub itu, ia sempat ditempatkan di posisi bek sayap, gelandang bertahan dan gelandang tengah.
Lalu pada Maret 2014 Stefano hijrah ke klub J-League, Hokkaido Consadole Sapporo. Akan tetapi ia hanya bermain sekali di laga Emperor's Cup melawan Tonan Maebashi dan mengemas satu assist.