Pertandingan fase grup akan dimulai pada Oktober. Borneo FC mendapat keuntungan karena berstatus sebagai tuan rumah Grup D.
Seluruh pertandingan Grup D akan berlangsung di Stadion Segiri, Samarinda, Kalimantan Timur. Dukungan langsung dari publik sendiri menjadi salah satu modal bagi Pesut Etam dalam menghadapi persaingan Asia.
Selain Borneo FC, Indonesia masih berpeluang memiliki wakil lain di AFC Challenge League 2026-2027. Persib Bandung bisa ikut tampil jika gagal melewati babak play-off AFC Champions League (ACL) Two 2026-2027.
Persib akan menghadapi Manila Digger dari Filipina pada babak play-off yang dijadwalkan berlangsung 31 Agustus 2026. Jika kalah, Maung Bandung berpotensi turun ke AFC Challenge League.
Grup A:
Ahal, Ansar, Al Ittihad Ahli, Paro
Grup B:
Al Arabi, Nejmeh, Istiklol, Homs Al Fidaa
Grup C:
Goa, Al Qadsia, Fortis, Regar TadAZ
Grup D:
Borneo FC, One Taguig, Tainan City FC, pemenang play-off East 1.3
Grup E:
Shan United, Hang Yuan, kalah play-off ACL East, pemenang play-off East 1.4