Ketajamannya tak memudar ketika sudah pindah ke Fenerbache dan Feyenoord. Kuyt kemudian pensiun pada 2018 saat berseragam Quick Boys dan menekuni dunia kepelatihan.
Awalnya Kuyt ditunjuk untuk menangani Feyenoord U-19 pada 2018. Empat tahun kemudian, ADO Den Haag memperkenalkan Kuyt sebagai pelatih kepala baru mereka, dengan menandatangani kontrak satu tahun.
Dia dipecat pada 24 November 2022, setelah hasil mengecewakan yang membuat tim tersebut berada di posisi ke-17 setelah 16 pertandingan.
Setahun berselang, Kuyt diangkat sebagai manajer klub Challenger Pro League (divisi kedua Belgia) Beerschot hingga sekarang. Dia terikat kontrak sampai 2025.
Pria berusia 44 tahun itu berhasil membawa klub tersebut promosi ke Liga Pro Belgia usai menjadi juara Challenger Pro League pada 2023-2024. Menarik dinantikan jika benar Kuyt akan menangani Marselino Ferdinan dan kolega.