Akan tetapi, salah satu karier terbaiknya di level klub dia capai saat membela tim asal Malaysia, Selangor FA. Elie Aiboy bahkan mendapat predikat sebagai salah satu legenda klub tersebut.
Hal itu berawal pada 2005 ketika manajemen Selangor FA datang langsung ke Jakarta untuk mengadakan negosiasi terkait rencana mereka mendatangkan Bambang Pamungkas.
Rupanya, tim berjuluk Raksasa Merah juga tertarik mendatangkan Elie Aiboy setelah melihat permainan sang winger bersama Persija Jakarta. Lucunya, Selangor FA mengira dirinya adalah pemain asing. Singkat cerita, keduanya akhirnya sepakat untuk merapat ke Selangor FA.
Keputusan tersebut terbilang tepat, di sana Elie Aiboy dan Bambang Pamungkas datang sebagai andalan sekaligus idola baru bagi Selangor FA. Oleh fans, keduanya disebut "bintang dari negeri seberang". Kekompakan Elie-Bambang terus terbangun dan berdampak besar bagi Selangor FA meraih prestasi.
Tak butuh waktu lama untuk duet Indonesia mempersembahkan gelar juara bagi Selangor FA. Elie Aiboy terpilih sebagai pemain terbaik Piala FA Malaysia sekaligus membawa timnya promosi ke Liga Super Malaysia 2006.